Регистрация участников. Производители, импортеры, дистрибьюторы и розничные продавцы регистрируются в системе «Честный знак» и подключают свои учетные системы (например, кассы или складской учёт).
Создание кода. Производитель или импортёр заказывает у ЦРПТ уникальные коды Data Matrix, наносит их на упаковку товара и вводит продукцию в оборот.
Передача данных. На каждом этапе цепочки рынка (производство → склад → магазин → продажа) информация о движении товара передается в систему через оператора электронного документооборота (ЭДО). Для этого используются универсальные передаточные документы (УПД).
Продажа. При продаже товара кассир сканирует код Data Matrix, и онлайн-касса передаёт данные в систему. Проданный товар снимается с учета в «Честном знаке».
Контроль и проверка. Регуляторы (Роспотребнадзор, налоговая) отслеживают движение товаров для выявления нарушений.